Uffenbach estudió en la Universidad Halleund y luego partió desde 1709 en su Gran Viaje de dos años, que lo llevó primero en compañía de su hermano mayor Zacharias Konrad por el norte de Alemania, los Países Bajos e Inglaterra, donde grabaron sus impresiones de las actuaciones musicales. Johann Friedrich, el más musical de los dos, pasó dos años más estudiando en la Universidad de Estrasburgo y, después de graduarse en leyes en 1714, viajó por Suiza e Italia para adquirir allí experiencia en la vida operística y de conciertos. Su libro de viaje de esta última parte del Gran Viaje con muchos dibujos de su propia mano y complementado por grabados de cobre se mantuvo como un manuscrito.
En Venecia, en el teatro Sant' Angelo, fue testigo de una actuación de "Lucio Papirio" de L. A. Predieri, durante la cual Vivaldi, que actuaba como director musical y líder de la orquesta, tocó una cadencia asombrosa en la que ascendió tan alto que, según las palabras de Uffenbach, sus dedos se encontraron 'dentro del ancho de una paja del puente'. Más tarde, en 1715, viajó a París para recibir instrucción en laúd de Gallot; regresó dos años más tarde para instalarse en Frankfurt, donde apoyó con entusiasmo los conciertos de la sociedad musical de Frauenstein, dirigidos entonces por Telemann. Uffenbach fue un hombre de amplios intereses y muchos logros.

Formó una sociedad académica privada en Frankfurt (parecida a la de Mizler en Leipzig), y alcanzó una posición eminente en la administración de la ciudad. En Dichtung und Wahrheit Goethereferred con su trabajo en la organización de conciertos y oratorios allí y con su excelente colección de música. Uffenbach fue un benefactor de la nueva Universidad de Göttingen, de cuya biblioteca salieron, entre otras cosas, las revistas de sus extensos viajes por Europa. Constituyen un importante cuerpo de material histórico, como lo son sus cartas a músicos como Telemann, Hotteterre, Graupner, Mattheson y Graun. En Inglaterra, en 1709-1710, los Uffenbach escucharon con admiración a Nicolini y Pepusch y destacaron la excelencia de las orquestas de Londres, en gran parte de extranjeros. Encontraron que los ingleses no tenían mucho talento musical excepto como organistas, una visión confirmada por ellos en una visita a Cambridge donde escucharon tocar el órgano en la capilla del Trinity College y asistieron a una reunión del club de música en el Christ's College donde, al parecer, no era en absoluto música.

Uffenbach desarrolló un interés por la naturaleza más práctica con el mismo interés en la educación que su hermano mayor. En 1725 estaba en Frankfurt fundando la Sociedad para el Cuidado de la ciencia y el arte, una de las primeras  Aufklärungs-Sozietäten en Alemania, que inicialmente sólo contó con un pequeño círculo de seis fundadores en 14 días. Sin haber sido soldado, se convirtió en capitán imperial y coronel de la artillería del Electorado de Hannover (1737), una apreciación de su conocimiento en las fortificaciones desarrollado por él mismo. Técnicamente versado, dirigió desde 1741 la construcción del Puente Viejo sobre el Main. En la coronación del emperador Carlos VII en 1742 planeó y organizó la magnífica exhibición de fuegos artificiales.
Uffenbach fue elegido el 4 de junio de 1733 en el 51° Colegio de la ciudad imperial de Frankfurt, en 1744 miembro del consejo en Frankfurt y en 1749 fue nombrado el más joven concejal de Frankfurt. En 1752 se convirtió en abogado y consejero real imperial. En 1762, Uffenbach fue alcalde de Frankfurt.
El interés de Uffenbach en la ópera se limitó a escribir dos libretos: "L'arti communi: quo vanno per la città", un 'dramma per musica' que se imprimió, y "Pharasmanes", un Singspiel de 1720 que permaneció inédito hasta 1930.

Murió después de dos matrimonios sin descendencia y legó gran parte de sus ricas colecciones como un inicio universitario muy iluminado fundó la Universidad Georg-August de Göttingen y su biblioteca universitaria. Los dibujos y grabados fueron la base de la colección de arte de la Universidad de Göttingen. Él era miembro honorario de la Sociedad Alemana fue fundada en 1738 en Göttingen y miembro de la Academia de Ciencias de Göttingen, fundada en 1751 y en 1763 fue también miembro extranjero de la Real Academia Danesa de Ciencias. El resto de su patrimonio, obras de arte que no fueron objeto de la donación a Göttingen, fue subastado en 1771 según catálogo